Az intézmény 2000. január 1 óta képez a társadalom számára folyamatosan megújuló tudásalapot és technológiai-innovációs terméket. 7 karon kezdte el működését. A Nyugat-magyarországi Egyetem, a Soproni Egyetem, a Benedek Elek Pedagógiai Főiskola, a Pannon Agrártudományi Egyetem Mosonmagyaróvári Mezőgazdaságtudományi Kara, s az Apáczai Csere János Tanítóképző Főiskola fúziójának eredményeként létesült.
2008. január 1. napi hatállyal az Egyetem három további karral bővült, amikor a 2005. évi CXXXIX. törvény 36. §-a szerint a Berzsenyi Dániel Főiskolával egyesült. Az Egyetem jogelődje az Erdészeti és Faipari Egyetem, amelynek őse a Selmecbányán III. Károly által 1735-ben alapított bányatisztképző iskola, amely 1919-ben települt át Sopronba. A Berzsenyi Dániel Főiskolával egyesülve 2008. január 1-én létrejött egy olyan tízkarú egyetem, amely a felsőoktatási palettát szinte teljes egészében lefedi. A 22 ezres hallgatói létszám pedig önmagában olyan bázist jelent a hozzá kapcsolódó három új karral, infrastruktúrával, amely valóban súlypontos felsőoktatási területté teszi ezt a régiót.
A Nyugat-magyarországi Egyetem szellemiségét tekintve "zöld egyetem". Természeti-társadalmi-emberi környezetét az életminőség megőrzése és javítása érdekében igyekszik alakítani, karait a környezettudatos gondolkodásmód jellemzi. Ápolja az erkölcsi és emberi értékeket őrző hagyományait, régiótudatát az Eurorégió, s a magyarlakta határon kívüli területek határozzák meg. A NymE nyitott intézmény, együttműködik mindenkivel, aki célkitűzéseit, törekvéseit elfogadja, s az Egyetem, a régió és az egész ország szellemi felemelkedését szolgálja.
Az egyetem keretében frissen egyesült jogelőd intézmények együttes súlya, s különösen szakmai összetétele egyedi és meghatározó a nyugat-dunántúli régión belül, s növekedési eséllyel van jelen a közép-dunántúli régióban. Az országos statisztikai adatokat tekintve az állami egyetemek között a 6. helyet foglalja el a hallgatói létszám alapján, de sajátos és élő történelmi hagyományai, a (természeti és társadalmi) környezetérzékenység valamennyi szakterületet átható jelentkezése, azaz „zöld” jellege, továbbá sajátos régiója és regionális kötődései miatt unikálisnak tekinthető. A jogelőd intézmények nemzetközi ismertségét és elismertségét is ezek a sajátosságok biztosították, amely az új egyetem keretében remélhetőleg egymást erősítve összegződik, s az elkövetkező években az újjászülető intézmény az európai felsőoktatás sajátos színfoltú, számon tartott tagja lesz.
Az egyetemen a képzés tíz karon, több tudományterülethez tartozó szakokon, valamennyi felsőoktatási szinten, határainkon belül és kívül, alapvetően magyar nyelven folyik.
A karokon oktatási szervezeti egységként intézetek, továbbá egyes karokon doktori iskola működik.
A) A Sopron megyei jogú városban működő karok:
B) A Szombathelyen működő Savaria Egyetemi Központ karai:
C) Az egyetem székhelyén és regionális központján kívül működő karok:
A REGIONÁLIS PEDAGÓGIAI SZOLGÁLTATÓ ÉS KUTATÓ KÖZPONT (megvalósító) a Nyugat-magyarországi Egyetem többcélú szolgáltató és kutató, fejlesztő intézménye. Szakmai szolgáltatásait (pedagógiai tanácsadás, tehetségfejlesztés, mérés-értékelés, minőségbiztosítás, továbbképzések, konferenciák szervezése, nevelési, pályaválasztási tanácsadás) a közoktatási intézményeknek, önkormányzatoknak ajánlja.
A kutató, fejlesztő tevékenység fő területei: a természettudományos oktatás, szakmai adatbázisok, módszertani adatbankok létrehozása, digitális tananyagok fejlesztése, hatásvizsgálatok szakmai fejlesztésekhez. Egyben az egyetemen a tanár mesterképzés gyakorlati képzésének irányítója, koordinátora, kapcsolatot tart a külső partneriskolákkal, mentorokkal.